Zes maanden na het einde van de L5-campagne en de DC-oorlog gingen de bemanningen van de vliegdekschepen PT, Hagane en Hiryuu hun eigen weg. Ze zijn niet lang meer weg... De DC-overlevenden beginnen zich op te dringen tegen de nieuw verworven Resource Federation-troepen. Een mysterieuze organisatie, de Mirror of Shadows, is begonnen hen te bewapenen met wapens en robots die niet zouden moeten bestaan...