Zeepiratenkapitein Harlock en de dwalende samoerai Tochiro arriveren in de Verenigde Staten aan de westelijke grens. Samen met een mysterieuze vrouw die ze onderweg ontmoeten, dagen de twee vrienden seksringen, bandieten en een corrupte sheriff uit. Ze zijn op zoek naar een verloren clan van Japanse immigranten, en ze zullen Gun Frontier van begin tot eind scheuren totdat ze ze vinden.
