Het netwerk bestrijkt de hele wereld en de ontwikkeling van het informatienetwerk bereikt zijn hoogtepunt. In dit tijdperk zijn er twee ontwikkelde werelden; de 'echte wereld' en 'bedraad' - de virtuele netwerkwereld. Souma Tooru behoort tot een groep hackers genaamd Steppen Wolf, die vrij op het netwerk surft. Bij hun laatste klus vielen ze de database van de VN-troepen aan. Tijdens deze aanval verliest hij Nonomura Yuuya, zijn vriend en teamleider. Tooru wordt gearresteerd door het leger. In ruil voor zijn vrijlating moet hij werken voor een anti-hackerorganisatie,. Tooru gaat voor hen op zoek naar de persoon die zijn vriend heeft vermoord. De drievoudige gevechten tussen de terroristische groepering, de veiligheidsonderneming en het leger gaan van dag tot dag door. En wanneer er tijdens deze schermutselingen verschillende schijnbaar niet-verbonden gebeurtenissen plaatsvinden, wordt het vrij duidelijk dat er iets groots aan de hand is.
