Emerald City ('Em City') is een experimentele gevangeniseenheid waar men probeert de gevangenen verantwoordelijkheid te laten nemen voor hun daden, zodat ze een beter mens worden. In de gevangenis moeten onder andere moslims, Italianen, Latino's, neo-nazi's en Afro-Amerikanen het samen proberen uit te houden.
Wanneer het geheime occulte genootschap, Shiromorishuua, een enorm monster stuurt om Tokio aan te vallen, neemt ASY, een vredeshandhavingsorganisatie in Japan, wraak met een Gousen (metaalfee). ASY's Gousen vernietigt het wezen nadat hij het in de open oceaan heeft gedreven. Hoewel succesvol, volgt er een verrassingsaanval. Een meisje, zwevend in de lucht en gloeiend van glans, slaat toe met een lichtstraal. Dit meisje is 'Rouran.' Ze kent noch haar identiteit, noch haar afkomst, noch waarom ze, telkens wanneer ze de Gousen of Kyoushi (gereanimeerde lijken) voelt, in een wraakengel verandert. Terwijl Rouran zich zorgen maakt over haar mysterieuze bestaan, waakt Tetsuya vriendelijk over haar in Tokyo Arcadia, een nederzetting van expats en dissidenten.
Acht jaar geleden bezocht de westerse beschaving het 19e-eeuwse Japan. Gemechaniseerde poppen en nieuwe door stoom aangedreven creaties begonnen zich door het hele land te verspreiden. The Wind Gang is een groep poppen- en stoomgebruikers die geloven in het gebruik van hun creaties om op gewelddadige wijze een nieuw industrieel tijdperk tot stand te brengen. Op een dag vallen ze het vredige dorp van een jonge poppengebruiker genaamd Hiwou aan en vernietigen ze. Hiwou en zijn vrienden ontsnappen met een gigantische pop genaamd Homura. Hiwou wil nu zijn vader vinden, zodat hij kan helpen de Wind Gang te verslaan en de vrede terug te brengen in Japan.
Marc Spector is een voormalige huurmoordenaar voor de Amerikaanse marine, die nu avonturier geworden is. Hij lijdt aan een dissociatieve identiteitsstoornis, wat inhoudt dat hij een meervoudige persoonlijkheid heeft. Marc krijgt op archeologische wijze met de Egyptische maangod Khonshu te maken, en krijgt dientengevolge diens bovenmenselijke krachten toegewezen. Hier hoort echter wel een taak bij: hij moet elke vijand die hij tegenkomt zien te verslaan met deze krachten. Hij komt er zo al vlug achter, dat deze krachten zowel een vloek als een zegen kunnen zijn in zijn toch al moeilijke leven. Zo wordt hij een dodelijk mysterie in gedreven, waar de Egyptische goden, al dan niet vereenzelvigd met Marcs persoonlijkheden, bij betrokken zijn.
Wanneer een tiener met een stoornis binnen het autismespectrum graag een vriendin wil, leidt zijn drang naar onafhankelijkheid tot zelfontdekking voor zijn hele familie.
Een gewone jongen uit de buitenwijken van Sofia wordt de eerste Bulgaarse undercoveragent. Toen hij jong was, werd Martin door zijn vader gedwongen om te liegen en te bedriegen, en hij wordt de perfecte leugenaar. Die vaardigheid, en ook de haat tegen de 'onderwereld', maken hem de perfecte match voor een gevaarlijke missie: het infiltreren in de misdaadorganisatie van een rijke en machtige zakenman. Terwijl hij infiltreert en leeft in angst om ontdekt te worden, wordt Martin verliefd op de meest ongepaste vrouw: Djaro's vriendin Suni. Net als hij het vertrouwen van de gangsters wint, blijkt dat de echte vijand bij de politie zit.
Het gaat over een nieuwe lerares, Yamaguchi Kumiko, die als eerste baan de zwaarste baan op de middelbare school krijgt toegewezen. Maar haar bijzondere verleden zal haar helpen problemen op haar eigen manier op te lossen.
