Maddie Hayes, een voormalig rijk model, ontdekt op een ochtend dat haar bedrijfsleider al haar geld van de bank heeft gestolen. Uiteindelijk blijkt dat ze toch nog ergens wat bezittingen heeft. David Addison, eigenaar van een detectivebureau waar Maddie ook een belang in heeft, overtuigt Maddie ervan om het bedrijf niet te verkopen maar om verder te gaan.
De serie speelt in Magix, een andere dimensie waarin alle bewoners beschikken over magische krachten. Magix wordt voornamelijk bewoond door een groot aantal magische wezens zoals feeën, tovenaars, heksen, elfjes, trollen, reuzen en monsters en krijgers genaamd specialisten. Alfea is een kostschool voor feeën, Wolkentoren een school voor heksen en Red Fountain een school voor specialisten. De drie scholen bevinden zich in Magix.
Acht jaar nadat de oorspronkelijke website uit de lucht ging, maakt een nieuwe generatie tieners uit New Yorkse privéscholen kennis met de sociale surveillance van Gossip Girl.
Perception volgt het leven van Dr Daniel Pierce, een getalenteerde maar excentrieke neurowetenschapper. Hij wordt ingelijfd door de FBI om te helpen bij het oplossen van de meest complexe zaken. Dr. Pierce werkt nauw samen met Special Agent Kate Moretti, een voormalige student.
Het verhaal speelt zich af in het jaar 1937, aan de vooravond van de Tweede Wereldoorlog, en gaat over een mysterieuze spionageopleidingsorganisatie die bekend staat als de 'D Agency'. De organisatie is opgericht door luitenant-kolonel Yuuki van het keizerlijke Japanse leger. Zijn idealen brachten hem ertoe mensen te rekruteren die verder gingen dan alleen afgestudeerden van de militaire academie en personeel, terwijl hij hen opleidde tot bekwame agenten in de kunst van manipulatie. Deze agenten zouden een gespecialiseerd team worden om operaties uit te voeren. Eén van die antiheldenagenten, genaamd Jirou Gamou, gaat op een aangrijpende missie om geheime documenten met de titel 'Black Notes' te ontdekken, terwijl hij strijdt tegen krachten van binnen en buiten zijn eigen gelederen.
Zeven jaar nadat ze is verdwenen, komt een jonge vrouw terug met mysterieuze nieuwe krachten. Ze schakelt vijf vreemdelingen in voor een geheime missie.
