Chakuro is de 14-jarige archivaris van de Modderwalvis, een bijna utopisch eiland dat over het oppervlak van een eindeloze zee van zand drijft. Negen op de tien inwoners van de Modderwalvis zijn gezegend en vervloekt met het vermogen om saimia te gebruiken, speciale krachten die hen tot een vroege dood veroordelen. Chakuro en zijn vrienden zijn andere eilanden tegengekomen, maar ze hebben nog nooit een mens ontmoet, gezien of zelfs maar gehoord van een mens die niet van hun eigen eiland was. Op een dag bezoekt Chakuro een eiland zo groot als de Modderwalvis en ontmoet hij een meisje dat zijn lot zal veranderen.
Danganronpa 3: Despair speelt zich af vóór de gebeurtenissen uit Danganronpa: Trigger Happy Havoc. Chisa Yukizome is een nieuwe leraar aan de Hope's Peak Academy en wordt de directeur van klas 77. Ondertussen biedt een talentloze leerling uit het reservaat zich vrijwillig aan om experimenten te ondergaan die gericht zijn op het creëren van de 'Ultieme Hoop'. Het verhaal volgt alle gebeurtenissen die aanleiding zullen geven tot de “Ultieme Wanhoop” en vervolgens tot de Tragedie4.
Seo Jae-won, die een ongelukkige jeugd heeft gehad, wordt een ambitieuze en gedreven CEO die succes najaagt. Maar wanneer haar obsessie uit de hand loopt, probeert ze te ontsnappen aan haar ongezonde verlangens, maar haar man, een ontwerper en universiteitsprofessor, wordt daarbij meegesleurd.
