'Prodigal Son' volgt het karakter van Malcolm Bright, die het vermogen heeft om te weten hoe moordenaars denken, hoe hun geest werkt. Waarom? In de jaren '90 was zijn vader een van de slechtste - een beruchte seriemoordenaar die 'De chirurg' heette. Daarom is Bright de beste criminele psycholoog; moord is het familiebedrijf. Bright gebruikt zijn verwrongen genie om de NYPD te helpen misdaden op te lossen en moordenaars te stoppen. Ondertussen moet hij omgaan met zijn manipulatieve moeder, een vervelende normale zus en een moorddadige vader die nog steeds probeert zich te binden aan zijn verloren zoon en zijn eigen voortdurend evoluerende neurosen.
Tien jaar geleden verscheen er in Zuid-Amerika een mysterieuze ruimtelijke anomalie die nu bekend staat als 'Heaven's Gate', kort daarna gevolgd door de opening van 'Hell's Gate' in Tokio, die de lucht veranderde en grote schade aanrichtte in het landschap. De echte sterren verdwenen en werden vervangen door valse sterren. Gedurende deze tijd ontstonden er mensen met verschillende speciale vaardigheden – 'Contractors' genoemd –, die allemaal in staat waren tot verschillende bovennatuurlijke prestaties. Na de rampzalige Heaven's War verloren de Verenigde Staten hun dominante positie als supermacht aan een mysterieuze organisatie genaamd het Syndicaat. Het verhaal draait om een Chinese aannemer met de codenaam 'Hei' die verschillende spionage- en moordmissies uitvoert in Tokio.
Nana en Shota zijn een pasgetrouwd stel en Nana is 15 jaar ouder dan Shota. Nana werkt als ontwerper en Shota als sportschooltrainer. Ze houden allebei van mysterie. Het pasgetrouwde stel verhuist vervolgens naar een appartement en woont daar een bewonersbijeenkomst bij. Nana en Shota raken betrokken bij moordzaken die in het appartement plaatsvinden. Bewoners worden één voor één vermoord. Sommige bewoners hebben een motief, maar die verdachten hebben een alibi. En kan er nog niemand gearresteerd worden.
In 2007 is er een ongewone verstoring in de fundamentele wetenschap van de aarde, en de wetenschappelijke gemeenschap staat op scherp. Vreemde zelfmoorden van wetenschappers, bijna wonderbaarlijke countdowns, handelen geheimzinnige wetenschappelijke grenzen, mysterieuze "Three Bodies" spel ...... nano-wetenschapper Wang Miao werd politieagent Shi Qiang naar het Joint Warfare Centre, en geïnfiltreerd in de "Scientific Boundaries" om te helpen bij het onderzoek, in het proces van het onderzoek. In het proces van onderzoek, Wang Miao en Shi Qiang contact opgenomen met een organisatie genaamd ETO, en ontdekte dat het geheim van de "Three Bodies" spel is eigenlijk twee beschavingen in om de ruimte te overleven, een wanhopige leven en dood achtervolging, in de gezamenlijke inspanningen van de mensen, Wang Miao, Shi Qiang en anderen om stevig te geloven, weer hoop, en leiden de mensen voor te bereiden op de dreigende crisis van de mensheid samen onder ogen.
