Op een dag verdween New York City zoals wij het kennen van de ene op de andere dag in een mysterieuze mist. Nu bekend als Hellsalem's Lot, is het een plek geworden waar een andere onvoorstelbare wereld verbonden is met onze realiteit. Het evenwicht in deze nieuwe wereld wordt beschermd door een geheim genootschap dat bekend staat als Weegschaal. Leo, een journalist en fotograaf die in de stad aankomt, wordt onverwachts gerekruteerd om hun gelederen te versterken.
De serie is een parodie op Neon Genesis Evangelion, waarin de hele cast van de originele serie nu bestaat uit gewone studenten die samen naar de middelbare school gaan in Tokyo-3. De serie bevat drie Rei-zussen: de ene is een kind jonger dan de rest, gebaseerd op Rei 1, de tweede is gebaseerd op Rei 2 (de Rei die je in de meeste normale series ziet), en de derde Rei is eigenlijk gebaseerd op de hyperactieve en klungy Alternate Rei (te zien in de alternatieve realiteitsdroomreeks uit de laatste aflevering van de originele serie). Verder is Evangelion Unit 01 zelf een van hun klasgenoten, maar dit keer als een robot op menselijke grootte die fungeert als een soort pestkop van de klas. Zelfs de Jet Alone-robot wordt opnieuw voorgesteld als een personage in de serie.
Om de paar jaar concurreren prachtige vrouwelijke krijgers uit het hele land in het Blade -toernooi van de Queen's Blade om de heerser van het land te worden. Het is een serie die net zoveel van geweld houdt als het een hekel heeft aan kleding en ingewikkelde plots.
Kotoko Iwanaga werd de god van de wijsheid voor de bovennatuurlijke wezens en brengt haar dagen door met het oplossen van problemen voor hen. De jongen op wie ze verliefd werd, Kuro Sakuragawa, is echter iemand die door alle bovennatuurlijke wezens wordt gevreesd. De twee worden geconfronteerd met verschillende mysterieuze incidenten waarbij het bovennatuurlijke betrokken is in deze serie liefde x romantiek x mysterie. Waar zullen deze fantastische incidenten hen naartoe leiden en wat zal er gebeuren met Kotoko’s verliefdheid?
