Teddy verlaat samen met z'n vriend Grubby zijn vaderland Rillonia op zoek naar avontuur en de helft van een medaillon. In Grundo aangekomen ontmoeten zij Dr. Newton Gimmick die hen helpt de Schat van Grundo te vinden. Hij bouwt een luchtschip en de zoektocht kan beginnen. Met behulp van een oude kaart zoeken ze in de wijde landen van Grundo, Rillonia en Ying naar de schat. Nadat ze gevangen worden genomen ontmoeten ze de prins van Grundo, Arin. Hij vertelt hen dat zijn zuster is ontvoerd en dat zij moet worden bevrijdt voor het te laat is. Ze ontsnappen en stellen het zoeken naar de schat uit tot de Prinses weer vrij is waarbij onder andere de tovenaar van Grundo hen helpt.
De schat, die zij zoeken blijkt uiteindelijk niet uit goud of juwelen te bestaan maar uit zes kristallen met verschillende middelen en machten en ook de andere helft van het medaillon.
Yugi, Joey, Téa, Tristan en Yugi's grootvader Solomon worden meegetrokken in een wereld waar Duel Monsters echt zijn. Ze vinden monstercapsules die ze kunnen gebruiken om monsters op te roepen. In deze vreemde nieuwe wereld vechten ze echter tegen monsters en wanneer hun eigen monsters worden aangevallen, voelen ze de pijn.
Kanazawa Nobuaki is overgeplaatst naar een middelbare school ver van waar hij woonde. Door een incident op zijn oude school is Nobuaki bang om in de buurt van zijn nieuwe klasgenoten te komen en houdt hij zichzelf op afstand, maar hij begint zich open te stellen vanwege een interklas estafette op een sportdag. Vervolgens wordt er een enkel sms-bericht van iemand die zichzelf de 'Koning' noemt, naar iedereen in de klas gestuurd. Nobuaki's klasgenoten denken dat het een simpele grap is en nemen het niet serieus, maar Nobuaki weet dat er een doodsspel gaat beginnen en heeft moeite om zich daartegen te verzetten...
