De serie volgt de avonturen van vijf baby aapjes die met hun moeder in een dierentuin wonen. De welpen onderscheiden zich door fantastische energie, een voorliefde voor avonturisme en naïviteit; moeder moet hun streken corrigeren en hen van problemen redden.
Jérémie, Aelita, Yumi, Ulrich, Odd en William keren terug naar hun dagelijkse leven als studenten van Kadic College. Maar XANA, het multi-agentprogramma dat hun doodsvijand was geworden en dat ze in hun vorige avonturen hadden weten te vernietigen, verschijnt opnieuw. De Lyoko Warriors activeren de supercomputer opnieuw om terug te keren naar Lyoko, ontdekken de redenen voor deze terugkeer en maken er een einde aan voordat de aarde opnieuw wordt bedreigd.
Spannende reeks vol actie en avontuur, over een jonge held en zijn vrienden die het moeten opnemen tegen een haast onmogelijk grote vijand: de farmareus EternoFarma.
